民主党はまた、事務次官会議を廃止し、事務次官にも国会議員を任命する方針だ。その代わり閣僚委員会・国家戦略局・行政刷新会議など新しい「3大権力機関」が新設される。鳩山代表は「閣僚委員会には各省庁の大臣・副大臣・政務官・事務次官など100人が参加し、国家運営を決める」と述べた。竹中治堅東京大教授は「3大機関が核心政策と国家ビジョン、予算の骨格を策定することになるだろう」とし「民主党政権の核心勢力も3大権力機関長になるはずだ」と語った。
官僚組織が改革されれば、日本は15-16世紀の戦国時代のように独特の文化と特徴を持った地方時代がよみがえる見通しだ。民主党は地方に権限と財源を大幅に委譲し、用途が限定される条件付き補助金を地方が自由に使える「一括交付金」に転換する方針だ。玄葉光一郎・分権調査会長は「こうなれば官僚組織の規模は半分に減るだろう」と述べた。大阪府の橋下徹知事は「地方分権こそ政権交代の使命」と強調した。