北朝鮮が米国の約束違反を理由に核無能力化の中断を宣言したのを受け、日本政府は首相を中心に即刻対策作りに乗り出した。
福田康夫首相は２６日「日本は、北朝鮮が核開発計画を断念し、予定通り核無能力化措置を取ることを強く求める」とし「米国を含む６カ国協議関係諸国と協力し、北朝鮮の核開発計画を終えさせたい」と述べた。
日本はまた国交正常化交渉の前提条件となる日本人拉致（らち）被害者問題が再び原点に戻ることを懸念している。
中山恭子拉致問題担当相は２６日「今月初旬の朝日実務者協議で合意した通り、北朝鮮が再調査委員会を設置すれば、日本は即時に人的交流とチャーター便の日本入りを許可する計画だ」と明らかにした。
この日、北朝鮮が核無能力化中断を宣言したことによって、日本は北朝鮮問題で強硬姿勢に転じる可能性が高い。
韓半島問題専門家の伊豆見元静岡県立大学教授は「北朝鮮への不信感はさらに深まるだろう」とした後「この余波で、北朝鮮が拉致被害者問題でまで立場を変えて不誠実に臨んだ場合、北朝鮮に対してより一層強硬な策を取ることになるかもしれない」という見方を示した。