２日午後、東京の羽田空港滑走路に着陸した日本航空の航空機から火災が発生したとＮＨＫなどが報道した。乗客乗員３７９人全員が無事に脱出したが、この航空機と衝突した海上保安庁所属の航空機に乗っていた６人のうち５人が死亡した。韓国人の被害情報はなかったと韓国外交部が明らかにした。

ＮＨＫなど日本メディアによるとこの日北海道の新千歳空港を出発した日本航空５１６便は午後５時４７分ごろ羽田空港のＣ滑走路（長さ３３６０メートル）に着陸後、滑走路を走行中に機体が炎に包まれた。ＮＨＫが公開した映像などを見ると、滑走路を走行する航空機のエンジン近くから突然火柱が上がり、火が付いたまま移動を続ける姿がみられる。ＮＨＫによると、消防隊員が消火作業をする間に乗客と乗員全員が非常スライドを使い１０分で脱出した。この過程で１７人が負傷した。

具体的な事故原因はまだ明らかになっていないが、現地メディアはこの航空機が滑走路で海上保安庁所属航空機と衝突したとみられると報道した。航空評論家の小林宏之氏は「衝突の衝撃によって発生した火が、翼の内部にある燃料タンクに引火した可能性がある」と話した。

衝突直後に海上保安庁の航空機でも火災が発生し、乗員６人のうち５人が死亡したと日本メディアは報道した。この航空機は１日に石川県能登地方で発生した地震対応に向け新潟県に支援物資を輸送するため出発準備中だったという。

事故直後羽田空港の４本の滑走路はすべて閉鎖され、同空港に到着予定だった航空機は成田空港などに目的地を変更した。金浦（キンポ）発羽田行きの航空機の離陸も全面禁止された。