２５日午前、北朝鮮の弾道ミサイル発射の事実を最初に発表したのは日本だった。続いて菅義偉首相が国家安全保障会議（ＮＳＣ）を主宰し、北朝鮮に向けて警告メッセージを出すなど緊急に動いた。

ＮＨＫによると、日本海上保安庁は同日午前７時９分ごろ、「北朝鮮が弾道ミサイルの可能性があるものを発射した」と発表した。日本政府の分析によると、北朝鮮は同日午前７時４分ごろと２３分ごろ、東岸から２発の弾道ミサイルを発射し、飛行距離は約４２０キロメートル、約４３０キロメートルだった。防衛省は「落下したのは、いずれも日本のＥＥＺ（排他的経済水域）の外側で、日本の航空機や船舶への被害は確認されていない」と述べた。

菅首相は同日午前、報告を受けてすぐに「情報収集・分析に全力を挙げ、万全の態勢をとること」を関係部署に指示した後、午前８時から首相官邸で国家安全保障会議（ＮＳＣ）を開き、対応方案を議論した。韓国政府の国家安全保障会議（ＮＳＣ）の開催より１時間早かった。

菅首相は会議の後、８時４０分ごろ、記者団に「先ほど北朝鮮が弾道ミサイル２発を発射した」と北朝鮮の飛翔体を弾道ミサイルと規定した。続けて「去年３月２９日以来、およそ１年ぶりのミサイル発射は、わが国と地域の平和と安全を脅かすものだ。国連安保理決議に違反するものでもあり、厳重に抗議し強く非難する」と述べた。日本は中国・北京の大使館ルートを通じて北朝鮮に抗議したと共同通信は伝えた。

菅首相はまた、「これまで以上に警戒・監視を強める必要がある」とし、「米国や韓国をはじめ、関係諸国と緊密に連携し、国民の命と平和な暮らしを断固として守り抜く」と強調した。時事通信は「４月に予定する日米首脳会談で北朝鮮問題を取り上げ、バイデン米大統領と連携して対応する考えを示した」と報じた。

続いて岸信夫防衛相も午前１０時前、記者団に、北朝鮮が発射した弾道ミサイル２発の射程距離は４５０キロメートル、高さは１００キロメートル未満と詳細を公開した。

日本が迅速に対応したのは、今回発射された短距離弾道ミサイルが自国の直接的脅威になるという判断によるものと思われる。ＮＨＫによると、北朝鮮は２０１９年に１３回にわたり、あわせて２５発の弾道ミサイルを発射し、昨年３月には、４回のあわせて８発のミサイルを発射した。

日本は、２０１７年８月に北朝鮮が発射した弾道ミサイルが日本上空を通過したことを受け、午前６時１４分に警戒警報を発令し、１２道県の住民に避難勧告を出した。その後、日本は北朝鮮のミサイル発射に備えた避難訓練を非定期的に実施している。　

２１日、北朝鮮が巡航ミサイル２発を発射したことについては、日本政府は特別な声明を出さなかった。加藤勝信官房長官は２４日、会見で「（２１日の）北朝鮮のミサイル発射は安保理決議違反ではない」という米国政府の立場にも特にコメントせず、「状況に注視していきたい」とだけ述べた。