北朝鮮のミサイル発射が確認された２５日午前、日本政府も奔走した。

午前７時３７分、日本防衛省は「北朝鮮の飛翔体に関し、我が国（日本）の領域や排他的経済水域（ＥＥＺ）への飛来はないと確認している。現時点で日本の安全保障に直ちに影響を与える事態でないことは確認している」という立場を発表した。

岩屋毅防衛相はすぐに関係幹部会議を開催し、関連情報の収集に乗り出した。

前日午後から早い夏休みに入った安倍晋三首相は休暇で滞在中の山梨県で関連ニュースに接した。

時事通信によるとこの日ゴルフ場で記者団と会った安倍首相は「我が国（日本）の安全保障に影響を与える事態ではないと認識している」とし「いずれにせよ、米国と緊密に連携していく」と述べた。

この発言は「米国、韓国と緊密に連携する」という岩屋防衛相や菅義偉官房長官の発言とは差がある。

安倍首相の発言に先立ち、岩屋防衛相は幹部会議の直後、記者に「北朝鮮の軍事動向について米国、韓国と緊密に連携しながら、必要な情報の収集・分析に努める。警戒監視に万全を期したい」と述べた。

菅官房長官も安倍首相の発言の後に行われた午前の定例記者会見で「米国や韓国との連携」を強調した。菅長官は同日、金杉憲治外務省アジア大洋州局長がスティーブン・ビーガン米国務省対北朝鮮政策特別代表、李度勲（イ・ドフン）外交部韓半島（朝鮮半島）平和交渉本部長と相次いで電話会談した事実を公開し「韓・米・日が緊密に連携している」と述べた。

菅長官や岩屋防衛相とは異なり、安倍首相は韓国を除外した米国との連携だけを強調したものだ。

一方、岩屋防衛相は会見で「どのような形の発射であれ、もし弾道ミサイルであれば国連の決議に違反している」とし「北朝鮮のミサイル発射は非常に遺憾だ」と述べた。

また、北朝鮮の発射の意図や今後の影響などについて「現在分析中」と言うに留めたものの「北朝鮮・米国間の核交渉にどのような影響を与えるか断定的に申し上げにくいが好ましくない事態であることは間違いない」と述べた。

また、発射されたミサイルの数や種類、距離については「現在分析中だが、この段階では確たることは申し上げられない」と述べた。

日本の有力民放のテレビ朝日はこれに関し「日本政府は発射されたミサイルの数が２発以上の可能性があると見て関連する分析を進行中だ」と報じた。