天安艦沈没は４日目である２９日にも疑惑が相次いだ。船体艦尾が沈んでから４９時間ぶりに発見された点もその１つだ。艦尾は２８日夜、最初の沈没地点で１８０メートルしか離れていない所で発見された。それなのに発見まで２日もかかっている。それも民間漁船の漁業指導船が見つけた。

艦尾の船室には失踪乗務補助員４６人のうち３２人が閉じこめられているものと推定されてきた。失踪乗務補助員の最大生存期間が２日を超える点を勘案すれば海軍が時間をむだに過ごしたのではないかという指摘もある。軍当局は事故海域の早い潮流と水中時計が良くないからだと説明した。西海岸は干満の差が大きく、流れが速い。ここに事故海域がペンリョン島と大青島の中間なので平均流速が３ノット（時速５キロ）になる。通常ダイバーたちは流速が１ノット以上なら作業しにくい。しかしこのような悪条件を勘案しても軍の生半可な対応は疑問点に挙げられる。

機雷除去艦が遅く投入された点も疑問を投げかける。この艦艇が早く到着していたら艦尾捜索はもっと早くできた可能性を排除することができないからだ。

天安艦が沈没した直後の２６日夜１１時頃、隣近で作戦中だった束草艦（１２００トン級）が北方で５分余りにわたり７６ミリ艦砲を発射した点も疑惑を生んでいる。合同参謀は「射撃後、レーダーから消えたものと推定し、鳥の群れと推定される」と説明した。レーダー上では鳥の群れと艦艇の移動速度が似ているのでたまにこうした場合があるというのだ。海軍関係者は「１日晩中レーダーを追って追撃したが、確認結果、鳥の群れだったケースが多かった」と述べた。といえども発射した艦砲種類に対しては「作戦上明らかにできない」としている。

しかし海軍関係者たちは「当時、射撃は撃破射撃だった」と伝えた。撃破射撃は相手に警告を加える威脅射撃を超え、正確な目標を決めてこれを破壊するために加えるものだ。

また対空兵器や３０～４０ミリ艦砲ではない７６ミリ艦砲を撃ったことをめぐり、一般的な対応ではないという指摘だ。このために「天安艦を攻撃して帰った半潜水艇が捕捉されたのではないか」というい疑惑を生んだ。

一部ではこの射撃が北朝鮮軍用機の発進と関連があるという指摘もしているが、無関係だと明らかにされた。

北朝鮮の対応も気になる。２９日も北朝鮮は沈黙している。４日目だ。北朝鮮機雷や魚雷攻撃による爆発の可能性まで提起されたが、何の立場も明らかにしない。韓国の話題については遅く伝える場合が少なくないが、３、４日中に１次報道はしていたというのが政府当局の説明だ。

このため北朝鮮が今回の事態と関連し、何か悩んでいるのではないかという見方も出ている。