「日本哨戒機が近接（低空）飛行をした」という韓国側発表に対して日本政府も反論に乗り出した。

岩屋毅防衛相は２３日夕方の会見で「詳細な内容について確認を続けている」としながらも「（２３日、日本の哨戒機が飛行したという）６０、７０メートルの高度は正確ではない。私どもはちゃんと記録を取っている。高度１５０メートル以上を確保し、従来通り国際法規や国内法に則り適切な運用行っていた」と主張した。

また「１８日と２２日にも近接飛行があった」という韓国側主張に対しても「（当時の）飛行についても適切な運用を行っている。韓国側にもしっかり伝えているところだ」とし「距離も従来通り５００メートル以上しっかり距離を取っている」と述べた。

岩屋防衛相は韓国側を刺激するような表現は自制した。「（レーダー照準の）事実は事実として指摘をし、再発防止を求めるが、日韓・日米韓の防衛協力は地域の安全保障にとって非常に重要であり（中略）その考えに変わりない」とも述べた。

韓国側の公式発表直前、午後の定例記者会見に臨んだ菅義偉官房長官も「そうしたことがあったという報告は受けているが、詳細については承知していない」とし「いずれにしても日韓の防衛当局間でしっかり意思疎通を図っていくことが大事だ」と述べた。

日本メディアの報道によれば、日本政府内部には「韓国内の世論を狙った国内用発表なので無視するほうがいい」という気流が優勢だという。

メディアは政府関係者の発言を引用して「自分たちに不利なレーダー照準で、低空飛行に論争の焦点を移そうとするねらい」とし、韓国側発表の信憑性に疑問を呈した。

テレビ朝日は、防衛関係者の「この時期に異常接近することはあり得ない。仮に監視活動を行ったとしても、適正な距離は取っている」「全くあり得ないこと」等の発言や「韓国向けの問題だ」として取り合う考えがない政府高官の言葉も伝えた。

ＮＨＫも「自衛隊の哨戒機は、通常の警戒監視活動を行っていたと報告を受けており、低空飛行を行ったという事実はない」という防衛省幹部の言葉を報じた。

また別の幹部はＮＨＫに対し「照射問題があって日韓関係が悪化している中、現場では、通常より一層注意して活動を行っており、低空での威嚇飛行などありえない」とし「事実関係を変えてまで嫌がらせをしてきているようなもので、今回の発表は非常に残念だ」と話した。

日本政府は２１日、レーダー問題に対する「最終見解」を発表しながら「韓国側とはこれ以上協議しない」と宣言した。岩屋防衛相は２２日、記者団に対し、「（韓国側からの問題提起があっても）特段の事情がない限り、われわれから新たな見解を示すという考えははない」と明らかにしていた。