日本政府は６日午前、国家安全保障会議（ＮＳＣ）を招集するなど緊迫した動きを見せた。安倍晋三首相はこの日、菅義偉官房長官、岸田文雄外相、中谷元防衛相らが参加したＮＳＣを招集した。日本政府はまた首相官邸に対策室を設置し、北朝鮮情勢に関する情報連絡室を改編して稼動させるなど情報・収集と分析にも乗り出した。

安倍首相はＮＳＣ開催後、記者たちに「北朝鮮の核実験は、わが国の安全に対する重大な脅威」としながら「断じて容認できず、強く非難する」と話した。引き続き「（核実験は）これまでの国連安全保障理事会の決議に明白に違反し、国際的な核不拡散の取り組みに対する重大な挑戦」としながら「米国・韓国・中国・ロシアと連携しながら断固たる対応をとっていく」と強調した。

岸田外相は「我が国独自の検討をせざるをえない」として追加制裁を検討するとの立場を明らかにした。同時に外交チャネルを通じて北朝鮮に抗議する一方、国連安保理理事会を緊急招集して北朝鮮に対する新たな決議を採択するよう促すとの意も明らかにした。日本は今年から安保理非常任理事国だ。

防衛省は航空自衛隊機を発進させて大気中の放射性物質を観測する準備に入ったと時事通信が伝えた。日本は北朝鮮が２０１３年に核実験を行った時も航空自衛隊の練習機を出動させて大気を測定したことがある。中谷防衛相はこの日「国内の関係機関および米国と連携して関連情報の収集・分析に万全を期するよう指示した」と話した。

日本のＮＨＫ放送は北朝鮮での地震波で核実験の可能性が高いと明らかになりながら通常番組を中断して関連ニュースを流し、１２時３０分に北朝鮮の重大放送を生中継した。