１日午前５時１０分ごろ、後藤健二氏（４７）の斬首の急報が伝わった日本政府は衝撃と怒りに包まれた。首相官邸から５０メートル離れた公館に待機していた安倍晋三首相は６時ごろ官邸に移動した。記者たちの質問攻勢が続いたが、あまりにも衝撃が大きいためなのか何の言葉も出せなかった。約３０分後に再び記者たちの前に立った安倍首相の目は涙があふれそうだった。

彼は「卑劣きわまりないテロに強い怒りを覚える。テロリストを決して許さない。その罪を償わせるため国際社会と連携する」と、とりわけ強い表現でイスラム国（ＩＳ）を非難した。あらかじめ準備された発言メモを持っていた安倍首相の右手はずっと震えていた。

だが午前７時に招集された関係閣僚会議に座った安倍首相の顔は決然とした表情に変わっていた。ＩＳが追加で日本を「ターゲット」とみなすことを明確にしたのは一種の非常事態だという判断のためだ。

ＩＳはこの日明け方に公開した動画で、安倍首相に向かって「安倍よ、勝つこともできない戦争に参加しようとするお前の無謀な決断のためにこの刃で健二を殺害するだけでなく、お前の国民がどこにいても殺りくを継続するだろう。日本の悪夢は始まった」とした。

日本政府は直ちに国内外の日本人の安全確保に万全を期するよう在外公館などに緊急指示した。シリア-トルコ国境地帯にいた日本人取材陣も国境検問所付近から撤退した。中谷元・防衛相は国連平和維持活動（ＰＫＯ）などのために海外に派遣された自衛隊員の単独外出を禁止した。安倍首相の警護も強化された。

安倍政権は今回の事態に対する「安倍責任論」が台頭することを憂慮し、ＩＳに対する先制強硬措置を出した。菅義偉官房長官はこの日の午後の会見で今後、日本の自衛隊による自国民救出が可能なように法整備をする方針を明確にした。