日本政府は１０日、一日中、衝撃と怒りを行き来した。野田佳彦日本首相はこの日午後、李明博（イ・ミョンバク）大統領の独島（ドクト、日本名・竹島）訪問に対し、「到底受け入れることはできない。毅然とした対応をとっていかなければならない」と述べた。

玄葉光一郎外相は李大統領の独島上陸が確認された直後の午後３時、申ガク秀（シン・ガクス）駐日韓国大使を外務省に呼んで抗議した。続いて記者会見を開き、武藤正敏駐韓日本大使を１０日中に一時帰国させると明らかにした。

玄葉外相は「抗議の意を示すため一時帰国させ、それ以外にも相応の措置を取らざるを得ない」と強い口調で述べた。帰任時期についても「いつ戻すか分からない」と話した。武藤大使は１１日午前、外務省で今後の対応について玄葉外相と協議する予定だ。

日本メディアは「通常、一時帰国措置を取る場合は『現地事情を聞くため』という表現を使うが、今回は『抗議するため』という言葉を使った」とし「これは一時帰国より一段階強い措置である事実上の‘召還’」と解釈した。

日本政界も与野党を問わず一日中、興奮状態だった。森本敏防衛相はこの日午前の記者会見で、「（李大統領の独島訪問は）韓国が内政上の判断で決めたことだ」と述べると、保守野党は「こんなばかな発言をするとは信じられない」とし、問責決議案を提出するとも主張した。

自民党の谷垣禎一総裁は「日韓関係を改善しようとしてきた過去の努力を否定するものだ」とし「民主党政権が国家観を欠き、外交の基本姿勢が見られないことから、こうした侮りやそしりを受ける」と述べた。日本政府のある関係者は「いくら韓日関係が良くないとしても‘親しい隣国’と考えていた韓国がこういう行動までするとは想像できなかった」と述べた。

一方、朝日・読売など日本メディアは李大統領の独島訪問の背景について、「政権末期に人気を集め、‘起死回生’するために反日カードを取り出した」と分析した。

李大統領の独島訪問が伝えられた後、羽田雄一郎国土交通相と松原仁国家公安委員長の閣僚２人は「１５日の‘終戦記念日’に靖国神社を参拝する」と宣言した。靖国神社には第２次世界大戦のＡ級戦犯が合祀されている。参拝が実行される場合、０９年の民主党政権発足後、閣僚の靖国参拝は初めてとなる。