日本列島は２９日早朝明け方から大騒ぎとなった。安倍晋三首相が国家安全保障会議（ＮＳＣ）を主宰するなど首相官邸の慌ただしい動きとは別に日本政府はミサイル発射直後に関連内容を全国瞬時警報システム（Ｊアラート）などを通じて伝え一部地域には避難を呼びかけた。Ｊアラートが初めて稼動したのはミサイル発射（日本は午前５時５８分と発表）から４分後の午前６時２分ごろだった。「東北地方の方向に発射の模様」（６時２分）、「さきほど上空通過の模様」（６時１４分）などの内容だった。

ＮＨＫをはじめとする各放送局はＪアラート稼動とともにすぐ通常の放送を中断し「国民保護に関する情報」という題名で北朝鮮のミサイル発射のニュースを伝えた。「ミサイル発射。ミサイル発射。北朝鮮からミサイルが発射されたようです。頑丈な建物や地下に避難してください」と繰り返し伝えた。対象地域は北海道、青森、岩手など１２地域だった。北海道地域を中心に一部の学校は休校したり授業時間を遅らせた。ＪアラートによりＪＲ東日本はこの日午前６時ごろから３０分にわたり新幹線の運行を一時中止し、首都圏の鉄道運行も一時中止された。インターネットには「北朝鮮のミサイルを見た」としてフェイク動画を上げる人もいた。

北朝鮮の発射体が日本上空を通過したのは１９９８年８月の「テポドン１号」以来今回が５回目だ。日本政府は「人工衛星だと主張した過去とは違い今回ははばかることなくミサイルとし、事前予告がなかったという点で次元が異なる挑発」と主張した。

これまでミサイル迎撃を公言してきた日本がミサイルを迎撃しないことも議論となった。迎撃しないのか、迎撃できないのかをめぐってだ。菅義偉官房長官や小野寺五典防衛相は「（結果的に）迎撃措置は実施されなかった」としたが、自衛隊に破壊措置命令が下された状態だったのかに対しては確認しなかった。