北朝鮮木造船の三陟（サムチョク）港亡命当時、海洋警察と共に現場に出動した警察も木造船が港に停泊中という内容の報告を青瓦台（チョンワデ、大統領府）などにしたことが確認された。軍が警戒作戦失敗の責任を懸念して事件を縮小したのではという疑惑が提起される状況で、青瓦台に対する批判も強まると予想される。

警察によると、北朝鮮木造船に関する最初の通報は１５日午前６時４６分にあった。通報したのは住民だった。この住民は「海上亡命者から『北から来た』という話を聞いた」と１１２状況室の勤務者に伝えた。三陟港を管轄する江原（カンウォン）地方警察庁は直ちに海洋警察に共同対応を要請（午前６時５０分）した。

「北朝鮮船舶」という重大な事態であるため、警察庁は江原警察庁から状況報告書が届く前、口頭報告内容に基づき青瓦台国政状況室などにまず北朝鮮船舶が発見されたことを伝えた。報告内容には三陟港防波堤に北朝鮮船員（４人）が乗った木造船が停泊しているという事実もあった。海洋警察に続いて停泊していた点を知らせたのだ。

しかし軍当局は２日後の１７日の会見で「三陟港」を「三陟港近隣」と、「入港」を「漂流」とそれぞれ表現して事件の縮小・隠蔽疑惑を招いた。

その後、三陟港亡命当日に国防長官と合同参謀本部議長が出席した対策会議が合同参謀本部地下バンカーで開かれたことが新たに確認され、軍首脳部と青瓦台が会見内容をほう助したのではという疑問も出ている。

野党・自由韓国党の黄教安（ファン・ギョアン）代表は２４日、国会で開かれた最高委員会議で北朝鮮木造船亡命事件に関し、「北の船舶が東海（トンヘ、日本名・日本海）を５７時間にわたり航海しても把握できず、国防解体状況を迎えている」と批判した。韓国党は真相究明のために国会国防委員会などを開く考えを明らかにした。