５・２６南北首脳会談は１編の秘密作戦だった。会談推進から実務準備、会談場への移動まですべて極秘に進められた。２７日午前に文在寅（ムン・ジェイン）大統領の記者会見場に同席した青瓦台（チョンワデ、大統領府）参謀まで「私も内容を知らないので聞いてみようと来た」と話すほどだった。

北朝鮮の金正恩（キム・ジョンウン）国務委員長が会談を電撃提案したのは２５日午後だ。徐薫（ソ・フン）国家情報院長と金英哲（キム・ヨンチョル）朝鮮労働党副委員長の連絡チャンネルを通じ金委員長の会談提案の意向が伝えられた。そして同日午後３時に青瓦台では鄭義溶（チョン・ウィヨン）安保室長の主宰で国家安全保障会議（ＮＳＣ）常任委員会が開かれた。会議が終わった後、尹永燦（ユン・ヨンチャン）国民疎通首席秘書官は「米朝首脳間の直接疎通が必要だという点を確認した」と明らかにした。南北首脳会談関連の言及は一言もなかった。

しかし文大統領の「板門店（パンムンジョム）行き」はこの席で決定された。青瓦台高位関係者は、「北側から『金正恩委員長の構想』としながら隔意ない疎通案を提示してきて、関連閣僚との協議を通じて大統領に会談を建議した。２５日夜から２６日午前まで実務準備を終え午後に会談が開催された」と話した。彼が話した閣僚協議が２５日午後のＮＳＣ会議だったことになる。

ＮＳＣ会議結果をブリーフィングした尹首席秘書官はＮＳＣのメンバーではない。尹首席秘書官は首脳会談終了後の２６日午後７時ごろに会談開催の事実を発表し、記者らに「私もこの事実を伝達されており、知っていることはない」と話した。青瓦台内部でも安保ラインの核心を除き首脳会談開催の事実をまったく知らなかったということだ。２７日に会見場で会った青瓦台関係者も「疎通首席秘書官室は会談が始まってから会談の事実を伝えられた」と話した。

文大統領が会談が開かれた板門店北側の統一閣に移動する際の警護方式も普段と違った。文大統領は一般的に利用している黒い警護車両ではなく銀色のベンツを利用した。随行者も宋仁培（ソン・インベ）第１付属秘書官と尹建永（ユン・ゴンヨン）国政状況室長らに簡素化し、警護人員も４台の車両に分け最小化した。青瓦台関係者は「回転灯をつけた青瓦台車両が道路を列になって走れば大統領の板門店行きがそのまま露わになることになる。移動人材を減らしたのもセキュリティにともなう措置とみられる」と伝えた。

文大統領はこの日の記者会見で「６・１２米朝首脳会談を控えた準備過程で若干の難しい事情があった」とし会談が非公開に進められた背景を説明した。彼は「そうした状況で金委員長が（会談を）要請し、南北実務陣の電話通話を通じて協議するよりも直接会って虚心坦壊に対話をした方が良いと判断して電撃的に会談が実現した。会談事実をメディアにあらかじめ知らせられなかったことに対し了解を求めたい」と話した。