日本測量船の独島（トクト、日本名竹島）海域進入をめぐり韓国と日本が摩擦を起こす中、日本が最近１０年間、数回にわたり独島近海で韓国海洋測量船の調査活動を邪魔したことが確認された。

２０日、国立海洋調査院と海洋警察庁によると１９９６年８月１１日、独島南東の沖２２マイル海域で海洋調査院所属測量船海洋２０００号（２５００トン級）が海洋の調査をする際、日本海上保安庁所属巡視船と航空機が出現した。

海洋２０００号は国家海洋基本図作成のために海底地形、重力、地磁気などを調査していたが、日本巡視船は探査船８００メートル前まで近づき進路を妨害した。当時の調査に参加したある関係者は「韓国側海域で水路を測量していると明らかにしたが、ずっと近づいてくるので海警に支援を要請した」と明らかにした。すると海警警備艇が現場に出動、日本の巡視船と１マイルの距離を維持して１６時間対立を続けていたということだ。日本巡視船は２台が交代で監視し、海洋２０００号は正常な調査活動が難しいと判断、回航した。

９７年５月１８日にも日本巡視船は独島の北西１３マイル海域で海洋２０００号を監視した。また２００２年９月９日には済州（チェジュ）南韓国側過渡水域で、１０月１０日には済州南韓日中間水域で海上保安庁航空機が海洋２０００号を監視した。２００４年７月１０日には韓国側東海（トンヘ、日本海）排他的経済水域（ＥＥＺ）線上の独島北西の２７マイル海域で日本巡視船が韓国地質研究所所属探海２号（２０００トン級）に接近、「日本側ＥＥＺ水域で地質探査に対する日本政府の許可がないので退去せよ」と命令した。この測量船は外交的紛争を懸念し、活動を中断して回航した。

これらの測量船が調査をした所は日本側ＥＥＺに属する所ではなかったにもかかわらず日本側は韓国測量船の海洋調査を妨害した。海洋調査院関係者は「海で巡視船が前を塞ぎ、航空機が低空飛行するなど脅威を感じるほどだった」とし「正当な海洋調査活動だったので、以後、再び調査に乗り出して国家海洋基本図製作に必要な資料調査をすべて終えた」と述べた。