１６日午後２時、ソウル世宗路（セジョンノ）政府中央庁舎事務室で、大統領職引継ぎ委員会により政府組織改編案の発表をテレビで見守った統一部のある幹部は、たばこを取り出して口にくわえた。「はぁ…」っとため息を吐いて口をつぐんだ。統一部のある職員は「昨日の晩まで、うちの部は大丈夫だと思っていたのに…」としながら驚きと諦めの表情を隠すことができなかった。

引継ぎ委員会の電撃的な統一部廃止案発表は、新設される外交統一部に統一部の業務を移管し、外交統一部を対外・対北朝鮮政策を総括する「ワントップ」体制に作りかえるということだ。ここには「対北朝鮮政策も韓米の強調など対外政策の枠組みで決定されなければならない」という李明博（イ・ミョンバク）次期大統領の意向が反映されたものとみられる。実際に引継ぎ委員会は前日まで統一部の存廃をめぐって試行錯誤し、最終決定は李次期大統領が下したと伝えられている。

これまでの左派政権１０年間、政府の外交と対北朝鮮政策はそれぞれ外交通商部と統一部が担う「ツートップ」システムだった。特に参加政府になってからは、実力者だった李鍾奭（イ・ジョンソク）、鄭東泳（チョン・ドンヨン）前統一部長官が国家安全保障会議（ＮＳＣ）の常任委員長まで引き受け、外交部の「対米強調、国際協調」より統一部の「民族協調」が事実上、優位に立った。

しかし今回の引継ぎ委員会の発表で進歩政権での南北関係を優位に考える構図は消え、南北の経済協力、対北朝鮮支援のような南北懸案は韓米の立場を調整し、６カ国協議の進展の度合いに応じて速度を調節する可能性が高くなった。

引継ぎ委員会では統一部の運命が右往左往した。引継ぎ委員会李東官（イ・ドングァン）スポークスマンは４日「青瓦台と統一部などに散在した対外政策機能を統合する必要がある」と述べ、これまで話題に上っていた統一部の廃止論に現実味を加えたが、３日後、同スポークスマンは「政府部処改編は国民感情と象徴性を考慮しなければならない」と存続を示唆し、統一部を安堵させた。ところが１６日の最終発表では、１９６９年国土統一院から出発した統一部は３９年ぶりに空中分解せざる得ない状況となった。引継ぎ委員会によると統一部の対北朝鮮交渉と政策業務は外交統一部へと吸収される。対北朝鮮情報の分析業務は国家情報院に、南北経済協力は知識経済部と国土海洋部に、北朝鮮からの離脱住民支援施設（ハナ院）は地方自治体に移管にされる。

問題は統一部の廃止に対する少なくない反発だ。丁世鉉（チョン・セヒョン）前統一部長官は「奇想天外な発想。まるで海外トピックスの格好の餌食だ」と批判した。

また一部では、引継ぎ委員会による統一部の廃止案は、今後、国会で法案を成立させる際に、大統合民主新党など旧与党に対し交渉の切り札として使用しようという意図が含まれているという解釈もある。