黄禹錫（ファン・ウソク）教授の２００４年論文も操作された形跡があるという疑惑が提起された。

１９日、ＤＣインサイド科学ギャラリー掲示板には黄教授の２００４年論文に載せられた体細胞によるＥＳ細胞写真がキム・ソンジョン研究員が関わったまた別の論文の受精卵の細胞写真と重なるという疑惑が提起されている。

ネチズンひよこさんはこの日「黄教授が２００３年１２月９日、サイエンスに掲載を申請した論文の幹細胞写真のうちの１つが２００３年１１月２４日ミズメディ病院でステムセル誌に掲載を申請した『ヒト胚ＥＳ細胞の凍結に及ぼす第４型コラーゲンおよびラミニンの効果』という論文の受精卵幹細胞写真と重なる」と関連写真をその証拠として提示した。

特にステムセル誌論文の著者の中には論争の中心になっているキム・ソンジョン研究員が含まれているという点でねつ造がまたあり得るという主張だ。キム研究員は２００５年論文で幹細胞２つを操作して１１個に増やしたという疑いを受けている人物だ。

このような操作疑惑に対して生物学研究情報センターブリック（ＢＲＩＣ）のネチズンｙｏｕｎさんが「今回の場合は等しい写真が重複されたケースではなく、２つの写真の一方の角が完璧に重なる（ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ）ケース」とし「この写真が重なるということは（もし操作がなければ）、それほど貴重な世界初のＥＳ細胞株がミズメディ病院の受精卵幹細胞と同じシャーレに置かれたまま写真を撮られたということになる」としている。

また「こんなことは細胞を扱う実験室では『ほとんど起きないこと』」と前提し「研究費不足でシャーレ１つでも惜しまなければならない貧困な研究室であったとしても、このような非常識的な作業はしないだろう」と指摘している。今回の重複写真も２００４年の論文にねつ造もあり得るという証拠だという主張だ。

一方、一部のネチズンたちは２００４年論文のＤＮＡ指紋グラフ操作の可能性も提起し始めている。普通、ＤＮＡ指紋グラフは山模様がピラミッドのように上に行くほど細くならなければならないのに、黄教授の論文の場合、ＤＮＡ指紋の形態が一部違って現れているというのだ。